Ajatus Suomen ja Viron yhteisen kulttuurirahaston tai -säätiön perustamisesta oli ollut ilmassa jo jonkin aikaa. Ensimmäisinä suomalais-virolaisen kulttuurisäätiön perustamista ehdottivat vuonna 2008 entinen Suomen Viron-suurlähettiläs Jaakko Blomberg sekä Pohjoismaisen Investointipankin varapääjohtaja Gunnar Okk Suomen ja Viron pääministereiden tilaamassa Suomen ja Viron yhteistyön mahdollisuudet 2008 -raportissa. Ehdotuksen mukaan esikuvaksi oltaisiin otettu jo olemassaolevat Suomen ja kaikkien muiden pohjoismaiden väliset kulttuurisäätiöt.
Tällaisten valtioidenvälisillä sopimuksilla perustettujen säätiöiden alkupääoma on peräisin julkisista varoista ja niitä hallinnoivat julkisen vallan nimittämät hallitukset. Tuolloin alkanut kansainvälinen talouskriisi lykkäsi kuitenkin molemmissa maissa asiasta päättämisen valtiollisella tasolla määrittelemättömään tulevaisuuteen.
Kolme vuotta myöhemmin, syyskuussa 2011, säätiöidean kannattajat esittivät uuden ehdotuksen suoraan kahden maan kulttuuriministereille. Siinä ehdotettiin Suomalais-virolaisen kulttuurisäätiön perustamista siten, että mukana olisi niin julkista kuin myös yksityistä pääomaa Vaikka molempien maiden ministerit suhtautuivat ehdotukseen periaattessa positiivisesti, eivät he kuitenkaan nähneet mahdollisuutta perustaa tällä tavoin muodostettua säätiötä. Tämän jälkeen kypsyi ajatus säätiön perustamisesta täysin yksityisenä aloitteena. Toukokuussa Jaakko Blombergin ja Gunnar Okkin ideaan yhtyivät myös suurlähettiläs Jaakko Kalela, kapellimestari Eri Klas, entinen Säätiöiden ja rahastojen neuvottelukunnan toimitusjohtaja Paavo Hohti, Estonia-teatterin oopperanjohtaja Mart Mikk, oopperalaulaja Jaakko Ryhänen, kirjailija Tõnu Õnnepalu ja Tuglas-seuran toiminnanjohtaja Jaana Vasama.
Koska säätiön luominen edellyttää Suomen lakien mukaan vähimmäispääoman olemasaoloa, päätettiin välietappina perustaa yhdistys nimeltä Suomalaisvirolainen kulttuuriyhteistyön tukiyhdistys. Sen toiminnan ainoa päämäärä oli pääoman kerääminen Suomalais-virolaisen kulttuurisäätiön perustamiseksi ja rekisteröimiseksi.
Vaadittavan vähimmäispääoman keräämiseen yhdistykseltä kului yli kaksi vuotta. Perustamispääomaksi rahasto sai lahjoituksia yhtä lailla niin Suomesta kuin Virostakin; lahjoituksia antoivat yhteensä 24 yksityishenkilöä sekä 15 yritystä ja organisaatiota. Niiden joukkoon kuuluivat Vapaavuori arkkitehtitoimisto, Helsingin kaupunki, Helsingin yliopiston rahastot, Nordecon AS, Silberauto AS, Tallinnan kaupunki, Tallinnan tekninen yliopisto, Tallinnan yliopisto, Tampereen kaupunki, Tarton kaupunki, Tarton yliopisto, Turun kaupunki, Turun yliopisto, Turun yliopistosäätiö ja Åbo Akademi. Suurin kertalahjoitus oli 25 000 ja pienin 500 euroa.
31.1.2017 Suomen patentti- ja rekisterihallitus rekisteröi uuden yksityisen säätiön, jonka viralliset nimet ovat Suomalais-virolainen kulttuurisäätiö sr, Eesti-Soome Kultuurifond ja Finsk-estniska kultuurstiftelsen. Säätiön toiminnan pääasiallinen tavoite on kannustaa ja tukea kulttuuriyhteistyötä, jolla on kaikupohjaa myös Suomen ja Viron rajojen ulkopuolella. Maittemme välisellä käytännönläheisellä kulttuuriyhteistyöllä on kaikki mahdollisuudet kasvattaa Suomen ja Viron kansainvälistä näkyvyyttä entisestään sekä myös vahvistaa kilpailukykyä. Toivomme, että nämä odotukset onnistutaan muuttamaan tuloksiksi ja uusi säätiö pystyy jättämään merkittävän jäljen Suomen ja Viron kulttuurikentälle.